Você pode compactar bancos de dados do Access (MDB) de uma aplicação ASP de duas formas:

1. Via DAO (versão 3.5 precisa estar instalada)
Set Engine = CreateObject("DAO.DBEngine.35")
Engine.CompactDatabase "pathdatabase.mdb", "pathcompacted_database.mdb"

2. JRO (MDAC 2.1 ou superior precisa estar instalado)
Set Engine = CreateObject("JRO.JetEngine")
Engine.CompactDatabase "Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=pathdatabase.mdb", _
"Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=pathcompacted_database.mdb"

Ambas as soluções não suportam a compactação para o mesmo nome de arquivo. Você precisa criar um banco de dados compactado temporário e então copiá-lo sobre o bancos de dados original.

Retirado de http://www.pstruh.cz/tips/detpg_CompactMDB.htm

Fonte: http://www.asp4developers.com.br/